L'annulation des règles sur les plans d'eau en zones humides : protection environnementale absolue ou insécurité juridique ?

Introduction

Le 2 mars 2026, le Conseil d'État a prononcé l'annulation de l'arrêté du 3 juillet 2024 qui exemptait les plans d'eau de moins d'un hectare des règles de protection des zones humides. Cette décision juridictionnelle, fondée sur la violation du principe de non-régression environnementale consacré à l'article L. 110-1 du Code de l'environnement [loi biodiversité du 8 août 2016], soulève une question juridique fondamentale : comment articuler l'impératif constitutionnel de protection environnementale avec la sécurité juridique des opérateurs économiques ayant investi sur la foi d'un texte réglementaire ?

L'enjeu dépasse largement la seule question environnementale. Avec 856 000 plans d'eau recensés en France [inventaire national 2024], dont la majorité fait moins d'un hectare, cette annulation rétroactive expose des milliers d'exploitants agricoles à une double menace : l'effondrement de leurs investissements (55 750 € en moyenne par retenue) et des poursuites pénales pour destruction de zones humides sans autorisation valable [article L. 216-6 du Code de l'environnement : deux ans d'emprisonnement et 75 000 € d'amende].

Cette affaire cristallise une collision entre deux logiques normatives apparemment irréconciliables : d'un côté, le principe constitutionnel de non-régression impose un « cliquet » irréversible de protection ; de l'autre, le principe de confiance légitime exige que l'État n'expose pas les acteurs économiques à une insécurité juridique catastrophique. La tension est d'autant plus vive que la Cour européenne des droits de l'homme a récemment reconnu le droit à un environnement sain sous l'angle de l'article 8 de la Convention européenne [CEDH, Verein Klimaseniorinnen c. Suisse, 9 avril 2024], tandis que la Cour des comptes dénonçait en juillet 2023 l'absence de conditionnalités environnementales dans le financement public des infrastructures d'irrigation [Rapport sur la gestion quantitative de l'eau, juillet 2023].

ILe fondement juridique de l'annulation : la primauté du principe de non-régression environnementale

A.La consécration constitutionnelle de la protection environnementale

Depuis la loi constitutionnelle du 1er mars 2005, la Charte de l'environnement possède valeur constitutionnelle. Son article 1er dispose : « Chacun a le droit de vivre dans un environnement équilibré et respectueux de la santé ». Ce droit fondamental s'impose au même rang que la liberté d'expression ou le droit de propriété, créant une obligation positive pour l'État de garantir effectivement la protection environnementale.

Le principe de non-régression environnementale, codifié à l'article L. 110-1 du Code de l'environnement par la loi biodiversité du 8 août 2016, constitue l'opérationnalisation législative de cette exigence constitutionnelle. Ce principe interdit à l'autorité normative d'adopter des dispositions ayant pour effet de diminuer le niveau de protection de l'environnement. Le Conseil d'État, dans sa décision du 2 mars 2026, a considéré que l'exemption des plans d'eau de moins d'un hectare constituait précisément une telle régression, puisqu'elle soustrayait la majorité des retenues d'eau aux garanties environnementales applicables aux zones humides.

Cette jurisprudence s'inscrit dans une évolution plus large du droit européen et international. La CEDH, dans l'arrêt Verein Klimaseniorinnen c. Suisse du 9 avril 2024, a reconnu que l'inaction climatique pouvait constituer une violation de l'article 8 de la Convention (droit au respect de la vie privée et familiale), créant ainsi une obligation positive de protection environnementale pour les États membres. Le juge administratif français s'inscrit donc dans un mouvement de « constitutionnalisation » du droit de l'environnement qui dépasse les frontières nationales.

B.L'inventaire national et l'ampleur du contentieux potentiel

L'inventaire national de 2024 recense 856 000 plans d'eau sur le territoire français, dont la majorité fait moins d'un hectare. L'arrêté annulé du 3 juillet 2024 exemptait précisément cette catégorie des règles de protection. L'annulation rétroactive produit donc ses effets sur l'ensemble de ces installations, créant une situation juridique d'une complexité inédite.

Sur le plan technique, les zones humides jouent un rôle écologique majeur : régulation des débits, épuration naturelle de l'eau, réservoir de biodiversité. Leur destruction ou altération entraîne des conséquences irréversibles sur les écosystèmes. C'est précisément pour cette raison que le législateur a soumis leur exploitation à un régime d'autorisation stricte. L'arrêté du 3 juillet 2024, en exemptant les petits plans d'eau, contournait cette logique protectrice — d'où la censure du Conseil d'État pour violation du principe de non-régression.

IILes conséquences juridiques et économiques pour les exploitants agricoles

A.L'insécurité juridique et l'exposition pénale des exploitants

Les exploitants agricoles ayant créé des retenues d'eau entre le 3 juillet 2024 et le 2 mars 2026 se trouvent dans une situation juridique périlleuse. D'un point de vue pénal, ils sont potentiellement exposés aux sanctions prévues par l'article L. 216-6 du Code de l'environnement : deux ans d'emprisonnement et 75 000 € d'amende pour destruction ou altération de zones humides sans autorisation valable.

L'article 121-3 du Code pénal dispose certes qu'il n'y a point de crime ou de délit sans intention de le commettre, mais il prévoit également la répression des infractions d'imprudence ou de négligence. Un exploitant qui aurait créé une retenue sans vérifier la qualification juridique du terrain (zone humide ou non) pourrait donc être poursuivi, même en l'absence d'intention délictuelle. La jurisprudence en matière de zones humides inclut par ailleurs l'obligation de restaurer la zone dégradée, alourdissant encore la charge financière potentielle.

Cette exposition pénale s'ajoute à l'effondrement économique des investissements réalisés. Selon les données du ministère de l'Agriculture, créer une retenue collinaire coûte environ 1,75 € par m³ de capacité, auxquels s'ajoutent 47 000 € de frais fixes. Pour une retenue moyenne de 5 000 m³, l'investissement atteint 55 750 € hors taxes. Les exploitants ayant investi sur la foi de l'arrêté du 3 juillet 2024 se retrouvent donc avec des installations potentiellement illégales, sans possibilité de récupérer leur mise.

B.La responsabilité de l'État et les voies d'indemnisation

La question de la responsabilité de l'État pour rupture du principe de confiance légitime se pose avec acuité. Le Conseil d'État a jugé dans plusieurs affaires récentes que l'État engage sa responsabilité lorsqu'il manque à ses obligations réglementaires et cause un préjudice certain aux opérateurs économiques. En droit commercial, le principe de confiance légitime protège les entreprises ayant investi sur la foi d'un cadre normatif stable.

En l'espèce, trois conditions semblent réunies pour engager la responsabilité de l'État :

1. •Une faute : l'adoption d'un arrêté contraire au principe de non-régression, annulé par le juge administratif ;
2. •Un préjudice certain : la perte de l'investissement réalisé (55 750 € en moyenne par retenue) ;
3. •Un lien de causalité : les exploitants ont investi précisément parce que l'arrêté les y autorisait.

Cependant, deux obstacles juridiques limitent la portée de cette responsabilité. D'une part, l'article 1247 du Code civil dispose que nul n'est censé ignorer la loi : les exploitants auraient dû vérifier la compatibilité de l'arrêté avec les normes supérieures, notamment le principe constitutionnel de protection environnementale. D'autre part, indemniser systématiquement les exploitants reviendrait à financer avec l'argent public des infrastructures contraires à l'intérêt général environnemental, ce que refuse la Cour des comptes dans son rapport de juillet 2023.

Le gouvernement a annoncé le 4 janvier 2025 le triplement du fonds hydraulique agricole, passant de 20 à 60 millions d'euros. Mais la Cour des comptes exige que ce financement soit conditionné à des engagements vers des pratiques agricoles respectueuses de l'environnement et à la baisse des quantités d'eau utilisées pour l'irrigation. L'indemnisation sans conditionnalité créerait un précédent dangereux : elle subventionnerait des pratiques agricoles contraires aux objectifs environnementaux de l'Union européenne.

IIILes enjeux structurels occultés : inégalités, précarité et régulation

A.L'irrigation intensive : un système profondément inégalitaire

Une analyse sociologique du débat révèle que l'irrigation ne profite pas uniformément « aux agriculteurs », mais principalement aux exploitations déjà capitalisées. Le recensement agricole de 2020 montre que 5 % des exploitations (les plus grandes, supérieures à 214 hectares) cultivent 25 % du territoire agricole. Or, selon la Cour des comptes (rapport de juillet 2023), ces 5 % d'exploitations les plus grandes consomment 78 % de l'eau d'irrigation.

Les exploitations équipées pour l'irrigation sont systématiquement de taille moyenne à grande, avec une main-d'œuvre moyenne de 2,6 équivalents temps plein — le double des exploitations non équipées. Les retenues d'eau ne bénéficient donc pas aux petits exploitants en situation de précarité, mais aux entreprises agricoles déjà capitalisées, capables d'investir 60 000 € par installation.

Cette inégalité structurelle est aggravée par l'absence de transparence des prélèvements. La Cour des comptes révèle que 50 % des irrigants ne déclarent même pas leurs prélèvements d'eau, rendant impossible toute régulation équitable de la ressource. Le Règlement européen sur les données (Data Act), applicable depuis le 12 septembre 2025, impose pourtant le partage équitable des données générées par les équipements connectés, y compris dans l'agriculture. Ce texte pourrait constituer un levier pour créer un marché transparent de l'eau, mais sa mise en œuvre effective reste incertaine.

B.La dimension sociale ignorée : précarité des travailleurs agricoles

Le débat sur les plans d'eau occulte totalement la situation des 830 000 salariés agricoles, dont 157 653 travailleurs saisonniers (soit un quart de l'emploi saisonnier français, selon l'Insee). L'irrigation intensive permet deux à trois récoltes par an au lieu d'une seule, créant des besoins accrus en main-d'œuvre saisonnière précaire. Ces travailleurs, souvent migrants, sont exposés à des risques professionnels majeurs : la MSA recense plus de 53 000 déclarations d'accidents du travail ou de maladies professionnelles pour les salariés agricoles en 2024, dont 51 accidents mortels.

L'article L. 4121-1 du Code du travail impose à l'employeur de prendre les mesures nécessaires pour assurer la sécurité et protéger la santé physique et mentale des travailleurs. Or, l'irrigation intensive s'accompagne fréquemment d'un recours accru aux produits phytosanitaires, exposant les salariés à des risques sanitaires documentés. Le préambule de la Constitution de 1946, qui possède valeur constitutionnelle, dispose que « tout travailleur participe, par l'intermédiaire de ses délégués, à la détermination collective des conditions de travail ». Pourtant, les représentants des salariés agricoles sont absents des instances de décision sur les politiques d'irrigation.

Le droit du travail devrait imposer la participation des salariés exposés aux risques professionnels dans les décisions relatives à l'irrigation intensive. L'article L. 2251-1 du Code du travail prévoit la conclusion d'accords de branche étendus applicables à tous les employeurs relevant du champ d'application. Un accord national interprofessionnel (ANI) pourrait conditionner les aides publiques à l'irrigation à la mise en place de comités sociaux et économiques (CSE) effectifs et à la négociation collective sur les conditions de travail des saisonniers.

IVLes questions ouvertes et les perspectives d'évolution

A.La collision des normes constitutionnelles

L'affaire des plans d'eau révèle une collision frontale entre deux principes de valeur constitutionnelle :

• •D'une part, le principe de non-régression environnementale, adossé à la Charte de l'environnement de 2005 ;
• •D'autre part, le principe de confiance légitime et de sécurité juridique, inhérent à l'État de droit.

Le Conseil constitutionnel n'a pas encore été saisi de cette question. Pourtant, la doctrine s'interroge : comment hiérarchiser ces deux exigences lorsqu'elles entrent en conflit ? Le principe de non-régression peut-il justifier l'annulation rétroactive de textes réglementaires, au mépris de la stabilité juridique nécessaire aux acteurs économiques ?

Certains auteurs plaident pour une interprétation « intégratrice » : le principe de non-régression devrait s'appliquer aux nouvelles normes, mais l'annulation rétroactive devrait s'accompagner de mesures transitoires protégeant les opérateurs de bonne foi. D'autres défendent une approche stricte : la protection environnementale constitue un impératif catégorique qui ne souffre aucune exception, y compris au nom de la sécurité juridique.

B.Vers un contentieux de masse et une intervention législative ?

Avec 856 000 plans d'eau concernés, l'annulation de l'arrêté du 3 juillet 2024 ouvre la voie à un contentieux de masse. Trois catégories de recours sont prévisibles :

1. •Des recours en responsabilité contre l'État, fondés sur la rupture du principe de confiance légitime ;
2. •Des poursuites pénales contre les exploitants pour destruction de zones humides sans autorisation valable [article L. 216-6 du Code de l'environnement] ;
3. •Des recours des associations environnementales pour obtenir la restauration effective des zones humides détruites.

Ce contentieux massif appelle une intervention législative. Le législateur pourrait créer un régime transitoire articulant trois objectifs :

1. •La responsabilité financière de l'État pour les exploitants de bonne foi ayant investi sur la foi de l'arrêté annulé ;
2. •Des conditionnalités environnementales strictes pour tout financement public futur, conformément aux recommandations de la Cour des comptes ;
3. •La transparence obligatoire des prélèvements d'eau, en application du Data Act européen, pour créer un marché équitable et éviter que 50 % des irrigants échappent à tout contrôle.

La doctrine majoritaire converge vers cette solution intermédiaire : ni l'abandon de la protection environnementale, ni l'insécurité juridique totale des opérateurs. Mais sa mise en œuvre exige un courage politique que le triplement du fonds hydraulique sans conditionnalité (janvier 2025) ne laisse pas présager.

Conclusion

L'arrêt du Conseil d'État du 2 mars 2026 annulant les règles de création de plans d'eau en zones humides marque un tournant dans l'articulation entre protection environnementale et sécurité juridique. En consacrant la primauté du principe constitutionnel de non-régression, le juge administratif affirme que la protection des écosystèmes ne peut souffrir de régression réglementaire, fût-elle justifiée par des considérations économiques.

Cependant, cette décision soulève des questions juridiques, économiques et sociales redoutables. Sur le plan juridique, elle oppose deux exigences constitutionnelles apparemment inconciliables : le droit à un environnement sain [Charte de l'environnement de 2005] et le principe de confiance légitime inhérent à l'État de droit. Sur le plan économique, elle expose 856 000 installations à une remise en cause rétroactive, avec un coût potentiel de plusieurs milliards d'euros. Sur le plan social, elle occulte totalement la situation des 830 000 salariés agricoles, dont 157 653 travailleurs saisonniers exposés à la précarité et aux risques professionnels.

La doctrine majoritaire appelle à un régime transitoire législatif articulant responsabilité de l'État, conditionnalités environnementales strictes et protection sociale des travailleurs oubliés. Mais au-delà des solutions techniques, cette affaire pose une question politique fondamentale : quel modèle agricole pour quelle société ? Un modèle concentré où 5 % des exploitations consomment 78 % de l'eau d'irrigation [Cour des comptes, 2023] ? Ou un modèle redistributif intégrant les impératifs environnementaux et sociaux ?

Le silence du débat public sur cette question structurelle suggère que la vraie controverse n'est pas « protection environnementale absolue versus sécurité juridique », mais « choix de société » : quelle agriculture, pour qui, et à quel prix écologique et social ?